夫婦共働きの住宅ローンと登記名義について

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共働きの夫婦が住宅を購入したとき、ローンの名義や登記名義についてどうしようと迷うことが多いと思います。
そんなときポイントとなるのが次の3つの点ではないでしょうか?
1)ローンの名義を誰にするか? 
単独債務or連帯債務?
2)頭金と実際の返済の分担割合
3)共有登記名義
住宅ローン名義についてはその時の収入によって誰の名義だと組みやすいのかという問題になりますが、登記については将来、実際に誰が返済するのかによって名義を決めることになると思います。
ローンは今の収入が関係し、登記名義は将来の返済予定に関係するということで、とても分かりにくい話になると思います。
現金で購入した場合は実際に支払った金額に応じて登記すれば何の問題もないのですが、ローンについては登記名義と異なる人が返済する可能性があるということで贈与の問題が生じることになります。
国税庁のタックスアンサー等には次のように解説されています。

【No.4411 共働きの夫婦が住宅を買ったとき】  
共働きの夫婦が住宅を購入するとき、その購入資金を夫婦共同で負担する場合があります。
そのようなときに、実際の購入資金の負担割合と所有権登記の持分割合が異なっている場合には、贈与税の問題が生ずることがあります。  
例えば、総額3000万円の住宅を購入し、夫が2000万円、妻が1000万円の資金負担をしたものの、所有権の登記は夫と妻それぞれの持分を2分の1とした場合です。 
この場合、妻の所有権は登記持分の2分の1ですから、3000万円の2分の1の1500万円となります。
しかし、購入のための資金は1000万円しか負担していませんから、差額の500万円については夫から妻へ贈与があったことになります。  
この場合、資金の負担割合に応じて夫3分の2、妻3分の1の所有権登記がなされていれば、贈与税の問題は生じません。
【Q:夫婦でマンションを購入することにしました。マンションの名義は夫ですが、ローンは夫婦の連帯債務です。ローンの返済は共働きの収入から行いますが、贈与税の問題がありますか。】
A:ローン返済の年ごとに妻から夫に贈与があったものとされます。

その年のローン返済額に妻の所得が夫婦の所得の合計に占める割合を乗じて計算した金額がその年の贈与額になります。
他の質疑応答集の例では、ローンが全額夫名義だったとしても夫婦で分担を決めずに共同で返済するようなケースでは所得の割合で借入金を返済しているものとして取り扱われるとあります。
このため、ローンの名義に関わらず、夫婦間でどのような分担で返済するのかを書面等で決め、将来的な所得の割合を加味して登記名義を決めておいたほうがいいように思います。
もちろん、この分担割合は将来の夫婦の所得の見込みを考えてバランスをとったほうがトラブルは少ないと思います。
夫の給料のほとんどが住宅ローンの返済に回ってしまって、妻の収入で生活費を出しているという形になってしまうのもおかしな感じはします。
住宅ローン控除についてもこの夫婦で取り決めた分担がかかわってきます。
住宅ローンについては、ご夫婦でそれぞれ単独でローンを組むのか、収入を合算して連帯債務でローンを組むのかでも多少異なるような気がしますが、一般的に連帯債務で借入をする場合にはこの取り決めたローンの分担割合によって控除額を決めていくことになります。
連帯債務でない場合にはそれぞれの名義のローン分で住宅ローン控除を行うことになると思います。
住宅ローン控除なども絡めていくとかなり複雑になるので、ローン名義、ローンの負担割合、登記名義は整合性をもたせたほうがわかりやすいと思います。