この制度は、次の仕組みから構成されています。
⑴ 試験研究費の総額に係る税額控除
青色申告書を提出する法人の各事業年度において、試験研究費の額がある場合には、その試験研究費の額に10％（試験研究費割合が10％未満である場合には、試験研究費割合に0.2を乗じて計算した割合に８％を加算した割合）の税額控除割合を乗じた金額を、その事業年度の法人税額の20％相当額を限度として、法人税額から控除することができます（旧措法42の４①）。
⑵ 特別試験研究費の額に係る税額控除
青色申告書を提出する法人の各事業年度において、特別試験研究費の額がある場合には、その特別試験研究費の額に税額控除割合（12％から上記⑴で適用した税額控除割合を控除した割合）を乗じて計算した金額を、その事業年度の法人税額の20％相当額（上記⑴により控除された法人税額がある場合には、その金額を控除した残額）を限度として、法人税額から控除することができます（旧措法42の４②）。
⑶ 中小企業技術基盤強化税制
中小企業者等（４ページⅠ２(注１)参照）の各事業年度（上記⑴又は⑵の適用を受ける事業年度を除きます。）において、試験研究費の額がある場合には、その試験研究費の額の12％相当額を、その事業年度の法人税額の20％相当額を限度として、法人税額から控除することができます（旧措法42の４⑥）。
⑷ 繰越税額控除限度超過額の繰越控除
青色申告書を提出する法人の各事業年度の試験研究費の額が前事業年度の試験研究費の額を超える場合において、その事業年度開始の日前１年以内に開始した各事業年度（その事業年度まで連続して青色申告書の提出をしている場合に限ります。）における税額控除限度額のうち、上記⑴及び⑵による法人税額の特別控除をしてもなお控除しきれない金額の合計額（繰越税額控除限度超過額）を有するときは、繰越税額控除限度超過額に相当する金額を、その事業年度の法人税額の20％相当額（上記⑴及び⑵により控除された金額がある場合には、その金額を控除した残額）を限度として、法人税額から控除することができます（旧措法42の４③）。
また、上記⑶の税額控除制度による控除をしてもなお控除しきれない金額の合計額を有するときにおいても、同様に繰越中小企業者等税額控除限度超過額の税額控除が認められています（旧措法42の４⑦）。
⑸ 試験研究費の増加額又は平均売上金額の10％を超える試験研究費の額に係る税額控除
青色申告書を提出する法人の平成20年４月１日から平成26年３月31日までに開始する各事業年度において、次のイ又はロのいずれかの場合に該当する場合には、その区分に応じそれぞれ次に定める税額控除額につき、上記⑴から⑷までの制度とは別に、その事業年度の法人税額の10％相当額を限度として、法人税額から控除することができます（旧措法42の４⑨）。
イ 次の(ｲ)及び(ﾛ)のいずれも満たす場合
(ｲ) 試験研究費の額 ＞ 比較試験研究費の額(注１)
(ﾛ) 試験研究費の額 ＞ 基準試験研究費の額(注２)
税額控除額 ＝（試験研究費の額 － 比較試験研究費の額）× ５％
(注１) 比較試験研究費の額とは、当期前３年間の各期の試験研究費の額の平均額をいいます（旧措法42 の４⑫九）。以下同じです。
(注２) 基準試験研究費の額とは、当期前２年間の各期の試験研究費の額のうち最も多い額をいいます（旧措法
42 の４⑫十）。以下同じです。
ロ 試験研究費の額 ＞ 平均売上金額(注３)× 10％
税額控除額 ＝（試験研究費の額 － 平均売上金額 × 10％）× 超過税額控除割合(＊)
(＊) 超過税額控除割合 ＝ （試験研究費割合 － 10％）× 0.2
(注３) 平均売上金額とは、当期を含む４年間の売上金額の平均額をいいます（旧措法42 の４⑫十一）。
なお、平成25 年４月１日から平成27 年３月31 日までの間に開始する各事業年度における上記⑴から⑷までの各制度における税額控除限度額の上限については、その各事業年度の法人税額の30％相当額に引き上げられています（旧措法42 の４の２）。
非常にわかりにくい制度になっています。
(5)の部分が今回の改正内容になっていますが、法人税関係法令の改正の概要にあるこちらのイメージをで確認してなんとかわかるかな…という感じです。
ただ、高水準型、増加型、総額型という感じでいくつかの選択と複合が可能な制度ですから実際の適用にあたっては注意して検討が必要と思います。
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